SARS CoV-2 B.1.1.7
Virus yang booming saat ini sedang mewabah di UK. Saya pikir masih jauh untuk sampai ke Indonesia. Mesti transit dulu ke negara-negara eropa tengah dan asia selatan. Eh, ngga tahunya sudah ada laporan Virus ini sudah sampai Singapore. Sementara melihat kerumunan di Bandara buat ngelus dada. Rasanya tidak mungkin Polisi memanggil pimpinan bandara karena kerumunan ini. Siap-siap klaster SARS CoV-2 menyebar ke seluruh Indonesia dengan masif. Dan mudah-mudahan strain B.1.1.7 tidak sempat ke Indonesia.
Secara molekuler, perubahan strain ini menarik juga ditelaah.
1. Delesi asam amino nomor 69-70 pada protein spike (69-70del) menyebabkan virus dua kali lebih infeksius daripada non delesi. Dengan delesi dua asam amino yang berurutan ini, artinya virus membuang 6 basa (lumayan banyak) yang secara signifikan ini mungkin perlu dianalisis lebih lanjut. Mana yang lebih dulu terdelesi dalam proses evolusinya, 69 kah atau 70 kah? atau secara simultan keduanya terdelesi?
2. Mutasi N501Y menyebabkan peningkatan kekuatan pengikatan protein spike kepada reseptornya utamanya yaitu ACE-2. Perubahan Asparagin menjadi Tirosin juga sangat signifikan. Dalam konteks rekayasa protein, mutasi cenderung tidak merubah struktur rantai samping secara signifikan. Saya bisa faham kalau SARS CoV-2 bermutasi menjadi N501D, karena secara struktur keduanya mirip. Sehingga perubahannya pada spike tidak kebangetan banget. Tapi kalau merubah N501Y, ini mah kebangetan banget merubah rantai samping asam aminonya. Saya yakin peningkatan kekuatan ikatan protein Spike dan ACE-2 karena ada perubahan signifikan dalam pola ikatan hidrogen dan interaksi hidrofobisitas di antara keduanya.
3. P681H yang merubah sisi pemotongan dari protein spike dalam rangka masuk ke dalam sel manusia. Mutasi ini juga buat saya terasa sangat janggal, posisi asam amino prolin dalam protein termasuk jarang dimutasi. Asam amino ini berperan dalam membentuk struktur "looping". Dengan merubahnya menjadi histidin, ada kecenderungan dia ingin memperpanjang struktur sekunder yang telah terbentuk dengan penambahan pola ikatan hidrogen. Wajar kalau pola pemotongan menjadi berubah, karena titik pemotongan awal menjadi lebih rigid dan "unaccessible". Mungkin saja ini berkaitan dengan efisiensi dan efektifitas dalam proses perbanyakan komponen genetik ketika berada di dalam sel.
Hal yang perlu diperhatikan adalah sebenarnya kecepatan mutasi dari SARS CoV-2 adalah 1-2 mutasi per bulan, yang merupakan kecepatan normal virus dalam mutasi. Terlalu banyak mutasi yang terakumulasi dalam keadaan evolusi normal menunjukkan periode evolusi dalam inang senantiasa diperpanjang, dan terus proses "survival of fittest" menuju ke sana.
Dua hal yang juga perlu diwaspadai adalah (1) apabila strain neutralizing antibody escaping mutation SARS CoV-2 yang mulai mewabah. Maka strain jenis ini menjadikan terapi menggunakan plasma kovalesens akan berkurang kefektifannya. (2) Mutasi-mutasi pada protein spike yang mendorong restrukturisasi protein spike secara dinamis menjadi lebih "susceptible" terhadap reseptor lain, selain ACE-2. Hal ini menjadikan SARS CoV-2 menjadi virus dengan multireseptor, dan arah ini sebenarnya sudah mulai terjadi.
Tetap Konsisten dengan protokol kesehatan yaa teman-teman karena pandemi belum selesai, dan kita belum mendapatkan puncak gelombang pertama dari pandemi.
https://m.facebook.com/story.php?story_fbid=10159127180364571&id=535614570
